아마쿠사 제도는 일본 규슈 구마모토현 서쪽에 있는 군도로, 아리아케 해, 야쓰시로 해와 아마쿠사나다에 의해서 둘러싸여 있다.
주섬은 가미시마 섬과 시모시마 섬이다. 시모시마 섬의 면적은 574.92 km²이며 혼슈 등 주요 4섬을 제외한 일본의 섬 중에서는 8위의 면적을 가진다. 전체 면적은 1,000 km²이고 인구는 약 14만 명이다.
특별히 높은 산은 없으나 구릉이 많고 460m가 넘는 네 개의 봉우리가 있다. 이곳의 계단식 논밭은 인기있는 관광지로서 눈에 띄는 성공을 거두었다. 주요 교통 수단으로 아마쿠사 비행장이 있다.
1637년 ~ 1638년의 시마바라의 난과 관련하여 많은 기독교도들이 박해를 받은 곳이기도 하며 현재도 인구의 30% 정도가 기독교도라고 한다. 온난한 기후로 수산업, 보리새우·진주 등의 양식업이 활발하다. 아마쿠사에는 약간의 석탄과 고령석이 생산되어 예전에는 주로 히라도와 사쓰마의 도자기 원료로 사용되었다.
